gmx トレジャー¶

概要¶

gmx trajectory [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
             [-n [<.ndx>]] [-ox [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]]
             [-of [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>]
             [-tu <enum>] [-fgroup <selection>] [-xvg <enum>]
             [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf <file>] [-selrpos <enum>]
             [-seltype <enum>] [-select <selection>] [-[no]x]
             [-[no]y] [-[no]z] [-[no]len]

説明¶

gmx trajectory は、指定された選択に基づいて、座標、速度、および/または力をプロットします。デフォルトでは、要求されたベクトルの X、Y、および Z 成分がプロットされますが、-len、-x、-y、および -z のいずれか 1 つ以上を指定すると、この動作が上書きされます。

動的な選択の場合、現在、選択できるすべての位置に対して値が書き出されます。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション): 入力トレースファイルまたは単一の構成ファイル: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション): 入力形式： tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): 追加のインデックスグループ

出力ファイルの指定オプション:

-ox [<.xvg>] (coord.xvg) (オプション): 時間に対する各位置の座標
-ov [<.xvg>] (veloc.xvg) (オプション): 時間に対する各位置の速度
-of [<.xvg>] (force.xvg) (オプション): 時間に対する各位置における力

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレーム (ps) を読み込む
-e <時間> (0): 読み込むトレースファイルの最後のフレーム (ps)
-dt <時間> (0): フレームのみを使用する場合は、t MOD dt が最初の時間 (ps) と等しい場合にのみ使用してください。
-tu <enum> (ps): 時間値の単位: fs, ps, ns, us, ms, s
-fgroup <選択>: 軌跡ファイルに保存されている原子（設定されていない場合は、最初のN個の原子を想定）
-xvg (xmgrace): プロット形式: xmgrace, xmgr, なし
-[no]rmpbc (はい): 各フレームで分子を完全な状態にする
-[no]pbc (はい): 周期境界条件を使用して距離を計算する
-sf <ファイル>: ファイルからの選択肢を提供
-selrpos (アトム): 選択基準位置：原子、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、dyn_mol_cog
-seltype <enum> (アトム): デフォルトの選択出力位置: 原子、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、dyn_mol_cog
-select <選択>: 分析対象の選択
-[no]x (はい): X成分のプロット
-[no]y (はい): Y成分のプロット
-[no]z (はい): Z成分のプロット
-[no]len (no): ベクトル長をプロットする