gmx helixorient¶

概要¶

gmx helixorient [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
             [-oaxis [<.dat>]] [-ocenter [<.dat>]] [-orise [<.xvg>]]
             [-oradius [<.xvg>]] [-otwist [<.xvg>]]
             [-obending [<.xvg>]] [-otilt [<.xvg>]] [-orot [<.xvg>]]
             [-b <time>] [-e <time>] [-dt <time>] [-xvg <enum>]
             [-[no]sidechain] [-[no]incremental]

説明¶

gmx helixorient は、アルファヘリックス内の平均軸の座標と方向、および軸に対する Cアルファ原子と（オプションで）側鎖原子の方向/ベクトルを計算します。

入力として、連続するαヘリックスに対応するCアルファ原子を含むインデックスグループを指定する必要があります。側鎖の方向については、同じサイズの2番目のインデックスグループを指定し、各残基で側鎖を表すヘビー原子を含める必要があります。

注意: このプログラムは、構造の適合（フィット）は行いません。

ヘルムの軸方向を定義するために、4つのCアルファ座標が必要です。

傾き/回転は、オイラー回転を使用して計算されます。ここでは、らせん軸をローカルの x-軸、残基/Cαベクトルの方向を y、およびそれらの外積から得られる z-軸として定義します。Euler Y-Z-X回転を使用するため、まずらせん軸（1）を残基ベクトルの周りに、および（2）残基ベクトルの方向に対して回転させ、最後にそれらに対して（3）回転を行います。デバッグやその他の目的のために、実際のオイラー回転角度を theta[1-3].xvg として出力します。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-s [<.tpr>] (topol.tpr): ポータブル XDR 実行入力ファイル
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-oaxis [<.dat>] (helixaxis.dat): 汎用データファイル
-ocenter [<.dat>] (center.dat): 汎用データファイル
-orise [<.xvg>] (rise.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-oradius [<.xvg>] (radius.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-otwist [<.xvg>] (twist.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-obending [<.xvg>] (bending.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-otilt [<.xvg>] (tilt.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-orot [<.xvg>] (rotation.xvg): xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e <時間> (0): 読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。
-xvg (xmgrace): xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-[no]sidechain (無): ヘリックス軸に対する側鎖の方向も計算します。
-[no]incremental (無): 累積的な回転/傾きを計算するのではなく、その差分を計算します。