gmx gyrate-legacy¶

概要¶

gmx gyrate-legacy [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
             [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-acf [<.xvg>]] [-b <time>]
             [-e <time>] [-dt <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>]
             [-nmol <int>] [-[no]q] [-[no]p] [-[no]moi] [-nz <int>]
             [-acflen <int>] [-[no]normalize] [-P <enum>]
             [-fitfn <enum>] [-beginfit <real>] [-endfit <real>]

説明¶

gmx gyrate-legacy は、分子の回転半径と、x、y、および z 軸に対する回転半径を、時間とともに計算します。原子の質量は明示的に考慮されます。

各軸の成分は、各軸に直交する半径成分の、質量による平均二乗（マージナル・スミス）に対応します。例えば：

Rg(x) = √( (∑ᵢ mᵢ (Rᵢ(y)² + Rᵢ(z)²)) / (∑ᵢ mᵢ) )

``-nmol``オプションを使用すると、分析グループを等しいサイズの部分に分割することで、複数の分子の回転半径を計算できます。

オプション -nz を使用すると、z-軸に沿ったスライスにおける x-y 平面内の2次元の回転半径が計算されます。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr): 構造+質量(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xvg>] (gyrate.xvg): xvgr/xmgr ファイル
-acf [<.xvg>] (moi-acf.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e (0): 最後に読み込むフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。
-[no]w (no): 出力表示 .xvg, .xpm, .eps および .pdb ファイル
-xvg <enum> (xmgrace): xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-nmol <整数> (1): 分析する分子の数
-[no]q (無): アトミンの電荷の絶対値を質量ではなく、重み付け因子として使用する
-[no]p (無): 主軸に関する回転半径を計算します。
-[no]moi (無): 主軸によって定義される慣性モーメントを計算します。
-nz <int> (0): z軸に沿って、この数のスライスについて、2次元の回転半径を計算する
-acflen <int> (-1): ACFの長さは、デフォルトでフレーム数の中央値
-[no]normalize (有効): ACF の正規化
-P <列挙 (0)>: ACF (自相関係) 用のレジェンドル多項式の順序 (0 は該当なし): 0, 1, 2, 3
-fitfn (列挙) (なし): 関数: none, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-beginfit <実数値> (0): 相関関数の指数関数的なフィッティングを開始する時間
-endfit <実数値> (-1): 時間：相関関数の指数関数的な適合を終了する時間。-1 は、終了まで