初心者向け

GROMACS または 分子動力学シミュレーション を初めて行う方にとっては、非常に難しいと感じられるかもしれません。 GROMACS に関連する様々な詳細なドキュメントと、関連分野で発表された論文を最初に読むことを強く推奨します。

リソース

• GROMACS リファレンス マニュアル - 非常に詳細なドキュメントであり、一般的に MD についての非常に優れた入門としても機能します。

• フローチャート - タンパク質を水で満たした箱内の典型的な GROMACS MDシミュレーションの簡単なフローチャート。

• 分子動力学シミュレーションと GROMACS の導入（スライド、ビデオ）- 力場、積分法、温度と圧力の制御（Berk Hess）。