GROMACS 2019.4 リリースノート¶
このバージョンは2019年10月2日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2019.3バージョンからの変更を記録し、既知の問題を修正するために作成されています。また、2018.7バージョンおよびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
修正：CMAP 内の原子がボックス境界を通過する際に、不適切な圧力の値が計算される問題を修正¶
バイラル計算、およびそれによって計算される圧力は、CHARMM CMAP補正項に関与する2番目および3番目の原子が異なる周期的なイメージに存在する場合に不正確になります。これは、タンパク質がボックスの境界上に配置された場合に発生する可能性があります。エネルギーと力は正しいままでしたが、タンパク質がボックスの境界を通過した際に圧力カップリングを適用した場合、サンプリングに影響が出ます。
GPU での LJ カットオフの誤りを修正: rvdw < rcoulomb の場合¶
ユーザーがmdpファイルでrvdwをrcoulombよりも小さい値として選択した場合、最初に非結合相互作用の計算のためにGPU上で使用されるクーロンカットオフに設定されます。これは、正しいLJカットオフがPMEの調整（デフォルトで有効）が2*nstlistステップ後に開始されると設定されるため、エネルギー最小化、mdrun -rerun、および通常のMD実行の最初の2*nstlistステップにのみ影響します（ただし、-notunepmeでPMEの調整が無効になっている場合）。
修正 (可能性は低いが) CUDA GPU とドメイン分割における結合された力の欠落¶
CUDA GPU上でドメイン分割を用いて計算された結合相互作用の場合、特に非局所結合相互作用が存在するが、2つのドメイン間には非局所非結合相互作用が存在しない場合、結合力が計算されない可能性があります。ただし、これは非常にまれなケースであり、結合原子間の距離はペアリストのカットオフ距離よりも大きく、また、ペアリストのカットオフ距離内の他の非局所原子が存在しないことが必要です。
最終的な運動エネルギーと温度の誤った報告を修正¶
「leap-frog」インテグレーターを使用した場合、最後のステップの運動エネルギーと温度の値が、最後のステップが nstcalcenergy、nsttcouple、または nstpcouple で割り切れない場合に不正確になることがあります。
修正：grompp と mdrun でコサイン COM を使用する際のセグメンテーション違反¶
gmx ツールに関する修正¶
修正: grompp が制約間の角度制約を追加しない問題を修正¶
`mdp`オプションで`constraints=all-angles`を使用する場合、トポロジーで制約として指定された結合に関わる角度は削除されますが、角度制約で置き換えられることはありません。
修正：gmx wham で角度とジヘドラルのジオメトリを処理¶
gmx wham は、不適切なラジアンから度への単位変換を適用するため、重なりが発生しないか、または「数値が定義できない」という結果になる可能性があります。
修正：gmx xpm2ps のバグ¶
このツールは、読み込むライブラリファイルが提供されていない場合にエラーが発生します。
修正：gmx anaeig のバグ¶
ある問題が報告され、2番目のセットの固有値の読み込みにより、固有値の数が原子の3倍よりも少ない場合に問題が発生する可能性があることがわかりました。
demux.pl スクリプトの問題を修正¶
シミュレーションが100nsを超えると、軌跡が不連続になる可能性があり、1psの倍数でないステップサイズを使用した場合も同様です。これは、レプリカ交換シミュレーションから生成された軌跡のポストプロセッシングにのみ影響します。
連続して番号が振られていない拘束具でも、gmx disreが動作するようにしました。¶
修正：インデックスグループを持つ gro ファイルの書き込み¶
例えば、gmx editconf -f -n を使用して生成された出力 .gro ファイルは、入力ファイル内の原子の順序ではなく、インデックスファイル内のインデックスによって指定された原子の順序で原子名を指定します。
gmx make_ndx でチェーン ID を保持するように変更しました。¶
古い形式の構造ファイルからの読み込みにより、チェーンIDがデフォルト値で上書きされるようになりました。
移植性に影響を与える修正¶
AppleでのPME OpenCLの無効化¶
Apple OpenCLコンパイラは、機能的なclFFTビルドを生成できません。そのため、AppleプラットフォームではOpenCL PMEサポートが無効になっています。
その他の項目¶
AMD Zen 2 の検出機能を追加¶
AMD Zen 2 アーキテクチャは、Zen 1 との違いとして検出され、デフォルトでは 256 ビット幅の AVX2 SIMD 命令 (GMX_SIMD=AVX2_256) を使用します。また、Zen 2 用に、非バインドされたカーネルパラメータが調整されています。これにより、パフォーマンスに大きな影響があります。