主なポイン

GROMACS 2016は2016年8月4日にリリースされました。それ以降、パッチリリースが複数回行われています。最新版をご利用ください。以下に、期待できる主な機能と、詳細については以下のリンクをご参照ください！

  • もちろん、今回も、GPUを使用する場合としない場合の両方で、いくつかの役立つパフォーマンス改善が含まれています。CPU側のSIMDおよびスレッディングの強化により、GPUアクセラレーションされたシミュレーションが、GPUコードをそのままにしていても高速化されます！これらの改善と追加のGPUカーネルの改善により、GPUアクセラレーションされた実行では、処理速度が約15%向上すると期待できます。（ただし、これは通常のMDだけでなく、OpenMPスレッディングを全体でサポートするプルコードにより、マルチシミュレーションのシミュレーション間の依存関係が軽減されます。）

  • C++11 の移植レイヤーにより、CPU 上で多くの小さなルーチンを SIMD で高速化できるようになりました。これにより、アクセラレータや多数のノードを使用する実行においても、より効率的な負荷分散が可能になります。POWER8、ARM64、AVX512 (KNL) などは、新しい移植レイヤーでサポートされているため、SIMD で完全に高速化されています。

  • 結合相互作用のさらなるSIMD最適化により、計算時間を約2倍短縮しました。これにより、高い並列化において負荷分散が2倍向上し、大幅に改善されたスケーラビリティを実現します。

  • 同様に、SETTLEにおけるSIMDの高速化により、制約の計算時間が3～5倍短縮されます。これは、GPUでの実行において特に効果を発揮します。

  • OpenCL GPUサポートが、MPI、スレッド-MPI、およびGPUの組み合わせすべてで利用可能になりました（つまり、CUDAと同じ）。カーネルのパフォーマンスは最大60%向上しました。特にAMD GPUで効果が大きいです。NVIDIAでのOpenCLは、通常、CUDAほど高速ではありません。

  • 新しい分析フレームワークに含まれるツールは、シミュレーションシステムの部分集合である軌跡を処理できます。

  • 新しいプル座標ジオメトリ：角度、軸、二面角、および法線角。

  • チェックポイントのリセットは、実装が常にユーザーの要求を満たせる場合にのみ機能します。

  • バージョン番号は、リリース年のものに変わり、(将来) パッチ番号が付加されます。GROMACS 2016は、このブランチからの最初のリリースとなり、その後|Gromacs| 2016.1には、GROMACS 2016で修正されたバグが含まれます。