修正されたバグ¶
Verletバッファが不均一なシステムに対して正しく設定されました¶
Verlet バッファの推定が、初期座標から計算される有効密度を使用するように変更されました。これにより、(非常に)不均一なシステムの場合でも、バッファの過小評価を防ぐことができます。
大規模なアトムとスレッド数の場合に発生するセグメンテーション違反を修正¶
「アトームの数とOpenMPスレッドの数の積が2147483647を超える場合、負のアトーム番号が不正なメモリアクセスを引き起こす可能性があります。」
密度に基づいたシミュレーションの正規化¶
.mdp``オプション ``density-guided-simulation-normalize-densities = yes を使用すると、参照密度とシミュレーションされた密度値は、それらの値の合計で除算されていました。
これにより、多くの負の体積値を持つ参照密度の場合、予期しない動作が発生しました。具体的には、体積値の合計がゼロ未満の場合、密度がタンパク質構造を引き寄せるのではなく、「反発」するように動作するようになりました。負の正規化定数が体積値の符号を変化させました。
この動作を回避するために、参照密度は正規化され、正の 値の合計が 1 になるように設定されています。これにより、正規化定数が常に正の値になることが保証されます。
予期せぬ動作を回避するだけでなく、これにより、参照密度とシミュレーション密度間の絶対的な差が小さくなることが期待され、数値的な安定性にもわずかなメリットが得られます。
この変更は、以下の条件を満たすすべてのシミュレーションに影響します
gmxapi Python パッケージは、不要なMPI初期化を回避¶
mpi4py の自動動作により、MPI の初期化が遅延されるため、以前は gmxapi をインポートするだけで MPI の初期化が行われていました。この以前の動作は、予期せぬタイミング（パッケージのインストール時など）で、リソース管理ライブラリ（例：libfabric）との間で奇妙な相互作用を引き起こすことがありました。これは gmxapi のバージョン 0.3 で発生しました。
安全対策チェック：rlist 以外での変更による除外の確認¶
PMEを使用する場合、自由エネルギー計算において、少なくとも1つの変位した原子を含む非結合相互作用は、rlistを超えないようにする必要があります。このチェックには誤検知が発生する可能性があります。現在、このチェックは安全モードで動作し、変位したペアがrlistを超えた場合に常に致命的なエラーを発生させます。