GROMACS 2024.1 のリリースノート¶
このバージョンは2024年2月28日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2024.0バージョンからの変更を記録し、既知の問題を修正するために作成されています。また、2023.4バージョンおよびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrun が誤った動作をする問題を修正¶
トリカイン形状のボックスにおけるパリン・ラマーン結合で、丸め誤差を回避する¶
トリキリックな格子と異方性または対角 Parrinello-Rahman の圧力結合を使用する場合、オフ対角のスケーリング行列の要素はゼロ以外の値を持つ可能性があります。これは、GPU 上で更新を実行する際に、アサーションエラーを引き起こすだけで、問題ありませんでした。
gmx ツールに関する修正¶
gmx nmtraj でのフェーズの解析修正¶
移植性に影響を与える修正¶
修正: oneAPI DPC++ へのコンパイラフラグのチェック¶
一部のコンパイラ警告フラグは、Intel oneAPI を使用して NVIDIA/AMD GPU 用にコンパイルする際に、適切にテストされていませんでした。ユーザーへの影響は予測されていません。
その他¶
CPU上で非結合相互作用に関連するmdrunのパフォーマンス問題を修正する¶
内部ペアリストの選択のためのヒューリスティックが改善され、CPU上で非結合相互作用のパフォーマンスが回復または向上しました。これにより、正確性は損なわれません。
stdlib の境界チェックが有効になっている場合に、nbnxm-test の失敗を修正¶
ダブル精度における mdrun の継続テストの許容範囲を拡大する¶
「mdrun」の継続テストは、許容範囲のわずかに高い精度で、エラーが発生する可能性があります。
修正：gromppでのOpenMP初期化の欠如¶
問題は、Visual Studio でビルドされた gmx grompp を実行するときにのみ、ポップアップメッセージとして表示されるという形で現れました。このメッセージがアプリケーションをブロックしていたため、テストスイートや自動化スクリプトに影響を与える可能性がありました。他の悪影響は見られませんでした。
修正: GMX_USE_COLVARS=NONE の場合に grompp と mdrun がクラッシュする問題を修正¶
Colvars MDModuleは、Colvarsライブラリがコンパイルされていない場合に正しく構築されていませんでした。Colvars mdpフィールドのハンドラがnullptrを返していました。
zsh-5.9 (Mac OS Sonoma) で、壊れた補完スクリプトを修正¶
`compinit`コマンドは、`bashcompinit`をロードする前に、スクリプトによってロードされる必要があります。そうしないと、一部のzshバージョンで`GMXRC`をソースする際にエラーメッセージが表示されることがあります。