修正されたバグ¶
仮想サイトでの圧力結合の使用時に発生する軽微な不正確さを修正¶
システムが展開された後、スケーリングを行う前に、圧力を考慮した仮想サイトが再構築されました。ただし、これは、他の原子の線形結合ではない仮想サイトタイプの場合には完全に正確ではありません。健康なシミュレーションでは、圧力を考慮したスケーリングは非常に小さいため、その結果として生じる誤差は極めてわずかであり、ほとんどの場合、検出することはできません。
修正：dVremain/dl の計算において、nstdhdl が nstcalcenergy よりも大きい場合に正しく処理されるようにする¶
nstcalcenergy が nstdhdl の倍数でなかった場合、エネルギーファイルに誤った dVremain/dl の値が書き込まれる。ただし、dhdl.xvg とエネルギーファイル（例：gmx barで使用するもの）の両方で出力されたすべての dH/dl の値は正しい。
アクセラレーショングループの速度出力が削除されました¶
報告されたエネルギーファイルにおける加速グループの速度は常にゼロでした。現在は、その速度がエネルギーファイルに報告されなくなりました。
OPLSAAでMe2PO4を使用する際に、正しいc0パラメータを使用してください。¶
OPLSAA のトルションの合計は 0 になる必要がありますが、Me2PO4 のパラメータはそうではありませんでした。 c0 パラメータを正しい値に変更しました。
フリーエネルギーの擾乱を含む、フーリエ・ジヘドラル関数の使用を許可する¶
フーリエ二面角（二面相互作用タイプ3）は、自由エネルギー摂動シミュレーションでは使用できませんでした。実際には、二面角のパラメータは、いずれかの方法で、Ryczkaert-Bellemansパラメータに変換されていたため、現在、両方の関数に対する摂動のチェックは同じです。
Parrinello-Rahman圧力を適用する際に、凍結された原子の座標をスケーリングしないでください。¶
パリンネロ-ラフマン圧力を利用した場合、すべての原子に対してボックスのスケーリングが適用され、固定された原子が移動する。この効果は、ボックスの端に近い部分や、シミュレーション中に圧力が大きく変化する場合に顕著になる。現在、固定された原子は、カップリングによって無視され、固定された寸法を持つ原子は、その値を維持する。
非均一な回転を回避するために、異方性システムでのテストパーティクル挿入を使用する¶
異方性システムでは、ランダムな角度が均一な分布にならない。
線形角度ポテンシャルを使用した自由エネルギー計算を可能にする¶
線形角度ポテンシャルを用いた自由エネルギー計算は、gromppによって明示的に許可されていませんでした。
trjconv および trjcat での進捗表示を修正¶
trjconv および trjcat での軌道操作中に表示される進捗情報（フレーム番号と時間）が正しく表示されるようになりました。
disulfide 結合の GROMOS ジアデル生成を修正¶
`pdb2gmx`機能は、GROMOS力場系列を使用して、二硫化物結合の正しい角度を生成します。
不規則な二価角の周期的なエネルギー項の命名を修正¶
これまでのバージョンと同じ名前を内部で使用していたため、エネルギーファイルへの書き込みと読み込みで同じ名前を使用していました。これにより、異なる順序で記述された用語を含むファイル間で用語を比較しようとするツールが混乱する可能性があります。
gmx density は、常に相対座標を使用するようになりました。¶
絶対座標を使用する場合、ボックスの寸法が変化している状況では、ビンニングにおいて現実的な使用例はありません。そのため、gmx densityは内部で常に相対座標を使用します。これにより、ユーザーがこのオプションを忘れて最後にではなく平均ボックスサイズで出力スケールしようとする場合に発生する問題を回避し、常に正しい出力を保証し、まれに発生するセグメンテーション違反を解消します。