非推奨の機能¶

コアチーム GROMACS は、ユーザーおよび派生開発者に、予定されている変更について事前に知らせ、混乱を最小限に抑えることを目的としています。もし、不適切な変更が計画されていると感じた場合は、ぜひご連絡ください！

廃止された機能は、|Gromacs|で1年以上残っていることがありますが、これに依存しないでください。

GROMACS 2021 の機能に関する予想される変更¶

`gmx mdrun -membed`¶

タンパク質を膜に埋め込む機能は維持されますが、おそらく別の形式で提供されます（例：gmx membed）。

`gmx mdrun -rerun`¶

この機能（軌跡からポテンシャルエネルギーの量を計算する機能）は維持されますが、おそらく別の形式で提供されます。例えば、``gmx rerun``や``gmx test-particle-insertion``などが考えられます。

`integrator.mdp` のオプションは、動的な積分器のみを含む。¶

エネルギー最小化は、例えば gmx minimize を使用して、どの最小化アルゴリズムを使用するかを指定する .mdp ファイルを解釈することで、別の方法でアクセスできるようになります。通常モード解析は、例えば gmx normal-modes を使用してアクセスできます。これらのツールに対するコマンドラインヘルプは、サポートされている機能がいつ利用できるかをより明確に説明できるようになります。

`trjconv`、`editconf`、``eneconv``および``trjcat``の多くの機能が廃止されました。¶

これらのツールの機能は、よりモジュール化された形で利用できるように分離されています。これにより、よりシンプルなツールとして、そして最終的には開発中の GROMACS APIを通じて利用できるようになります。

`gmx do_dssp` の代替¶

このツールは、一部のユーザーが個別のDSSPバイナリを入手およびインストールすることが困難であるため、問題があるため、将来的にxsspをベースとしたネイティブな実装に置き換える予定です。これにより、新しいgmxツールの名前で提供されるようになります。

機能が GROMACS 2021 で非推奨¶

`mdrun -deffnm` は廃止されます¶

この機能は、非常に単純なシミュレーションを実行する場合に便利です。なぜなら、ファイルセットをグループ化し、それらが単に拡張子のみが異なる場合にのみ機能するからです。しかし、これは、mdrun モジュール（または複数のモジュール）が複数の .xvg 出力ファイルを生成する場合には機能しません。その結果、ファイル名が競合します。また、この機能とチェックポイント機能、および追加機能との相互作用により、多くのバグ報告が発生しています。

ユーザーはフォルダを使用してファイルをグループ化できる（これは|Gromacs|以外の経験からユーザーが理解している標準的なメカニズムであるため）、mdrun -deffnm の以前の利便性を削除することで、より良いソフトウェアを構築およびテストできます。そのため、ワークフローを適切に更新してください。

Issue 3818

OpenCLはGPUフレームワークとして廃止されます。¶

Issue 3818 AMDおよびIntel GPU向けのポートの開発が進められており、これらのポートは現在の|Gromacs| OpenCL ポートをベースにしない可能性が高いです。Nvidia GPUについてはCUDAポートが開発されており、この部分には変更は予定されていません。現在のリソースでは、コアチームが4つのポートを維持、テスト、拡張することはできません。HPCでOpenCLサポートを必要とする新たなGPUベンダーが現れないため、AMDおよびIntelのサポートが他の方法で確立された時点で、OpenCLポートは削除されます。

Intel KNC (MIC) のサポート¶

Issue 3818 このアーキテクチャは、HPCではほぼ使用されていません。ただし、KNLのサポートは継続され、この非推奨化の影響を受けません。

Sparc64 HPC ACE¶

このアーキテクチャは、HPC（高性能コンピューティング）ではほぼ使用されていません。

レガシーなSIMDアーキテクチャへのサポート¶

Issue 3818 時々、|Gromacs|のSIMDフレームワークを拡張する必要があり、そのため、テストが困難または不可能になった古いアーキテクチャを徐々に削除する必要があります。以下の実装は非推奨となり、将来の機能には対応しなくなります。

パワー7
ARMv7 (このプラットフォームは|Gromacs| 2020で非推奨)
x86 MIC (このプラットフォームは GROMACS 2021で非推奨となりました)
Sparc64 HPC ACE (このプラットフォームは|Gromacs| 2021で非推奨となりました)

GROMACS の |mdrun| のみを使用したビルド¶

Issue 3808 以前、GROMACS に gmx ツールが存在する前は、mdrun ツールを他の多くのデフォルトで構築されたバイナリツールとは独立してビルドすることができました。これは、計算クラスタへのインストールに便利でした。なぜなら、mdrun の依存関係が最小限であったからです。しかし、現在、CMake を使用して依存関係をより適切に管理しており、mdrun のみでビルドすることが以前ほど簡単ではありません。また、mdrun のみでビルドすることはテストが難しく、GROMACS のドキュメント作成やユーザーへの使用方法の指導に複雑さをもたらします。そのため、このビルドを削除する時期です。

ハードウェア局所化ライブラリ `hwloc` のバージョン 1 のサポート¶

Issue 3818 バージョン 2 は、GROMACS で数年間サポートされています。今後の GROMACS の開発において、最新のハードウェアおよびハードウェアサポート API の機能が最も重要であるため、テスト作業を最小限に抑え、クラスタが古い hwloc のインストールをアップグレードするように促すべきです。

旧API¶

Issue 3818 以前から、既存のヘッダーは非推奨となっており、しかし、GROMACS の src ディレクトリツリー内のすべてのヘッダーは、内部での利用のみを目的としており、予告なしに変更される可能性があることを明確にしたいと思います。さらに、libgromacs ライブラリおよび関連する CMake ターゲットの形式と内容は、長期的に安定してサポートできる API およびサポート機構を構築するために変更される可能性があります。

一定加速度 MD¶

Issue 1354 この機能は長年にわたって動作しなくなっており、誰も修正する意欲がないため、削除されます。

``.pdo``ファイルの読み込み（``gmx wham``を使用）¶

GROMACS 4.0 より前のバージョンで作成されたコードは、.pdo 形式のファイルを生成していました。これらのファイルの分析は、現在ではほとんど役に立たなくなっている可能性があります。もし利用する場合は、古いバージョンの GROMACS でも動作します。gmx wham を使用する場合、.pdo ファイルの読み込みをサポートしなくなることで、保守や拡張が容易になります。

2020年の|Gromacs|で非推奨になった機能¶

32ビットアーキテクチャへの対応¶

Issue 3252 現在も将来も、32ビットアーキテクチャを使用する大規模なリソースは存在せず、それらを適切にテストおよび評価する能力もありません。

48 のフリーエネルギーソフトコア電力¶

Issue 3253 48番のフリーエネルギーハードコアパワーは、ほとんどの場合使用されないため、廃止されます。

Armv7 のサポート¶

Issue 2990 現在のアーキテクチャに関連するコードにはいくつかの問題があり、それらに関するサポートや修正を行うためのリソースが不足しています。このアーキテクチャが大規模なHPCに大きな影響を与えないため、廃止されています。

機能が GROMACS 2019 で非推奨¶

標準的なアミノ酸残基中の芳香環を仮想的なサイトで置き換える機能の生成¶

Issue 3254 これらの関数は、特定の状況下で予期しない結果を引き起こす可能性がある（未発表の結果）、十分にテストされておらず、広く使用されていないため、pdb2gmxを簡素化する必要があります。

ベンチマークオプションは、``gmx benchmark``のみで利用可能です。¶

Issue 3255 オプション（-confout、-resethway、-resetstep`など）は、通常の`mdrun`ユーザーが使用することを意図していないため、専用のツールでのみ利用できるようにすることで、より明確になります。これにより、特定の`mdrun`およびベンチマークのユースケースに合わせた、シミュレーションパートのファイルの書き込みなどのデフォルト設定をカスタマイズできるようになり、-confout`は不要になります。

`gmx mdrun -nsteps`¶

Issue 3256 .tprファイルで記述されたシミュレーションステップ数は、gmx convert-tpr``コマンドを使用するか、``gmx grompp``の呼び出し前に.mdp``ファイルで変更できます。このmdrunオプションの利便性は、その実装の信頼性の低さ、ログファイルへの明確な記録の欠如、およびメンテナンスの不足によって相殺されています。