GROMACS ツールへの改善¶
gmx grompp は、二面角係数の合計を確認するようになりました。¶
タイプ3のジヘドラルパラメータの合計（つまり、Ryckaert-Bellemansまたはフーリエジヘドラル）は、前処理中にチェックされます。自由エネルギーシミュレーションでは、この合計は両方の状態において等しくなる必要があり、これは dH/dl を介して最終結果に影響します。また、この合計は、他の力場ポートやシミュレーションコードと比較する際にゼロである必要がありますが、ゼロでない場合でもシミュレーションには影響しません（シンプルな警告メッセージが表示されます）。
もし gmx grompp が以前は受け入れられていた相互作用を拒否した場合、最初の係数を変更して合計をゼロにする。この最初の係数は、エネルギーの微分（つまり、力の）に影響を与えないため、ダイナミクスにも影響を与えない。
デフォルトの力場パラメータに影響はありませんでした。したがって、何も変更されていません。
gmx dssp で DSSP v.2 のサポートを追加¶
現在、2つの異なる出力モードの選択が可能になりました。それは、ポリプロリンヘリックスの検索を有効にする（オプション：-polypro、デフォルトでDSSP v.4の出力に対応）か、ポリプロリンヘリックスの検索を無効にする（オプション：-nopolypro、DSSP v.2の出力に対応）かのいずれかです。
-evisco の平均ブロック数は、現在ユーザーによって選択されます。¶
以前、アインシュタインの公式を使用して粘度を計算する際に使用する平均ブロックの数は、デフォルトで4に固定されていました。この数は、gmx energy`コマンドの-einstein_blocks`オプションを使用して、ユーザーが選択できるようになりました。非常に長い軌跡から粘度を計算する場合、より正確な平均を得て、圧力積分における長時間の拡散挙動を回避するために、複数の平均ブロックを使用することが推奨されます。
gmx hbond の新機能¶
追加機能のセットが追加されました：動的な選択が利用可能になりました（また、詳細な出力がアトミックインデックスファイルに保存されます）。水素結合形成のための幾何学的基準を、カスタム距離と角度を使用してカスタマイズする機能が追加されました（それぞれ"-hbr"および"-hba"フラグを使用）。また、任意の原子を水素結合の供与体または受容体として追加する機能が追加されました（それぞれ"-de"および"-ea"フラグを使用）。
大規模な.groファイルの読み込みパフォーマンスを向上¶
gmx grompp は、大規模な gro ファイルからシステム座標を読み込む際に、最大 30% の速度向上を実現しました。
gmx msdにおけるより小さなサンプリングウィンドウ¶
平均よりも高い頻度でフレームを保存する軌跡は、-trestart を 1 ピコ秒未満、または 1 フェム秒まで使用して、より頻繁なサンプリングウィンドウで分析できます。