gmx rmsdist¶
概要¶
gmx rmsdist [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-equiv [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-rms [<.xpm>]]
[-scl [<.xpm>]] [-mean [<.xpm>]] [-nmr3 [<.xpm>]]
[-nmr6 [<.xpm>]] [-noe [<.dat>]] [-b <time>] [-e <time>]
[-dt <time>] [-[no]w] [-xvg <enum>] [-nlevels <int>]
[-max <real>] [-[no]sumh] [-[no]pbc]
説明¶
gmx rmsdist は、原子間の距離の二乗平均平方偏差を計算します。これは、標準的なRMS偏差（例えば、:doc:`gmx rms <gmx-rms>`で計算されるもの）のように、適合が必要ないという利点があります。参照構造は、構造ファイルから取得されます。時間 t におけるRMSDは、参照構造と時間 t における構造間の原子ペア間の距離の差の二乗平均平方として計算されます。
gmx rmsdist は、RMS 距離の行列、平均距離を考慮した RMS 距離、および NMR 平均距離（1/r^3 および 1/r^6 の平均）を含む行列も生成できます。 最後に、1/r^3 および 1/r^6 の平均距離が最大距離（デフォルトでは 0.6）を下回る原子ペアのリストを生成できます。 デフォルトでは、等価な水素原子（すべて *[123] という名前のトリプレット）を平均します。 さらに、等価な原子のリストを指定することもできます（-equiv オプション）。 各行には、残基番号と名前、および原子名で指定された等価な原子のセットが含まれます。 たとえば：
HB* 3 SER HB1 3 SER HB2
残基と原子の名前は、構造ファイル内のものと完全に一致している必要があり、大文字小文字も区別されます。非連続な原子を指定することは定義されていません。
オプション¶
入力ファイルの指定オプション:
-f[<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)-s[<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)-n[<.ndx>] (index.ndx) (オプション)インデックスファイル
-equiv[<.dat>] (equiv.dat) (オプション)汎用データファイル
出力ファイルの指定オプション:
-o[<.xvg>] (distrmsd.xvg)xvgr/xmgr ファイル
-rms[<.xpm>] (rmsdist.xpm) (オプション)X PixMap互換のマトリックスファイル
-scl[<.xpm>] (rmsscale.xpm) (オプション)X PixMap互換のマトリックスファイル
-mean[<.xpm>] (rmsmean.xpm) (オプション)X PixMap互換のマトリックスファイル
-nmr3[<.xpm>] (nmr3.xpm) (オプション)X PixMap互換のマトリックスファイル
-nmr6[<.xpm>] (nmr6.xpm) (オプション)X PixMap互換のマトリックスファイル
-noe[<.dat>] (noe.dat) (オプション)汎用データファイル
Other options:
-b<時間> (0)最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e<時間> (0)読み込むトレースファイルの最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt<時間> (0)フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。
-[no]w(無)-xvg<enum> (xmgrace)xvg グラフの書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-nlevels<整数> (40)RMS をこのレベル数で離散化する
-max<実数> (-1)Maximum level in matrices
-[no]sumh(はい)平均的な等価水素間の距離
-[no]pbc(有効)周期境界条件を使用して距離を計算する