修正されたバグ¶
修正されたエクスポートされた libgromacs CMake ターゲット¶
`libgromacs`のCMakeターゲットを更新し、存在しないインクルードパスへの依存を解消し、インターフェース定義に`GMX_DOUBLE`の定義を追加します。これにより、ターゲットは|Gromacs|という名前空間にエクスポートされます。
PDBファイル内で、予期しないアトム名の変更を修正¶
PDBファイルの読み書き時に、原子名の変更関数を削除します。これにより、特にH原子の命名が修正されます。
pdb2gmx は、ASPH と GLUH の入力処理をより適切に行う¶
デフォルトでは、これらの残基をすべてプロトン化されていない状態として扱い、入力内の残基名からプロトン化状態を推測しようとしません。プロトン化された状態は、インタラクティブな選択オプションを通じてのみ利用可能です。現在、pdb2gmxは、これらの残基を自動的に変換する際に、その旨を報告します。また、デフォルトおよびインタラクティブな選択のケースの両方で、出力の構成とトポロジーがこれらの残基を正しく命名するように保証します。
非結合相互作用のカットオフ距離を超えた、除外された相互作用を修正する¶
分子間相互作用のカップリングなしの自由エネルギー計算により、カットオフ距離を超える距離にある非結合ペア相互作用を除外できます。これらの相互作用は依然としてPMEの長距離寄与を持っています。これらの寄与は現在削除されています。さらに、ペアリストのカットオフを超える相互作用が存在する場合、mdrunは致命的なエラーで停止します。
AWH の初期ヒストグラムサイズを修正¶
初期のAWHバイアス用のヒストグラムサイズは、弱くも、フォース定数に依存していました。この依存関係は削除され、ヒストグラムサイズが約3倍に増加します。実際には、この変更はソリューションにかかる時間にわずかな影響しか与えません。複数の次元の場合、ヒストグラムサイズが過小評価されていました。特に、遅い次元と速い次元の組み合わせでは、この問題が顕著でした。現在簡略化された初期ヒストグラムサイズの計算式は、参照マニュアルに記載されています。
gmx xpm2ps でのデフォルトのティックマークの間隔が修正されました¶
これは、何年も前に意図せず変更された結果で、本来の自動的なチェックマークの間隔設定が、不適切な固定値で置き換えられてしまいました。
カットオフ電静力を使用した場合におけるLJ Ewald の除外を修正¶
LJ Ewald をカットオフ電磁相互作用と組み合わせて使用した場合、CUDA および OpenCL カーネルの除外計算が誤っていた。