雑多

gromppは、constraints=all-bondsの使用を推奨していません。

一般的な力場（AMBER、CHARMM、OPLS/aaなど）は、水素を含む結合でパラメータ化されています。これらの力場を使用する場合、すべての結合に制約を適用することは避けてください。制約を適用する場合は、時間ステップが2.6 fs未満で、水素原子を仮想サイトに置き換えない場合に、gromppは警告を表示します。また、「h-bonds」の制約を使用すると、パフォーマンスが向上します。

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