非推奨機能¶
2026版の|Gromacs|における変更点¶
2026年の|Gromacs|で廃止された機能¶
grompp を使用して角度制約を生成することは非推奨になりました。¶
Google ネイティブクライアント (NaCl) のビルドが非推奨¶
最後にサンドボックスがリリースされたのは10年前であり、NaClへのサポートはLLVM 22から削除されました。|Gromacs|では、ビルドオプション GMX_NACL は非推奨となりました。
機能が GROMACS 2025 で非推奨¶
MTTK の圧力結合機能は廃止されました¶
TNGの軌道形式は廃止されました¶
TNGファイル形式は、今後のリリースで削除されます。代わりに、より広く使用されているHDF5ベースのH5MD形式に置き換えられます。|Gromacs|の少なくとも1つのバージョンでは、H5MDとTNGの両方をサポートし、両方の形式間の変換を可能にします。
2024年の|Gromacs|で非推奨の機能¶
分析ツール「gmx gyrate-legacy」が非推奨となりました。¶
gmx gyrate は、最新の GROMACS 分析フレームワークで部分的に再実装されました。古い実装は gmx gyrate-legacy として引き続き利用可能です。新しいバージョンへの移行を計画してください。新しい実装に不足している機能や、機能が壊れている場合は、GROMACS 開発者にその旨をお知らせください。
分析ツール「gmx hbond-legacy」が非推奨となりました。¶
gmx hbond は、最新の GROMACS 分析フレームワークで部分的に再実装されました。 古い実装は、gmx hbond-legacy として引き続き利用可能です。 新しいバージョンへの移行を計画してください。 新しい実装に欠けている、または機能が壊れている機能について、GROMACS 開発者に通知してください。
分析ツール「gmx sans」および「gmx saxs」が廃止されました。¶
gmx sans および gmx saxs は、最新の GROMACS 分析フレームワークにおいて、新しい名前 gmx scattering の下で部分的に再実装されました。 古い実装は、gmx sans-legacy および gmx saxs-legacy として引き続き利用可能です。 新しいバージョンへの移行を計画してください。 新しい実装に欠けている、または機能が壊れている機能について、GROMACS 開発者に通知してください。
機能が GROMACS 2022 で非推奨¶
GMX_OPENCL_NB_CLUSTER_SIZE CMake 変数が、GMX_GPU_NB_CLUSTER_SIZE に置き換えられました。¶
OpenCL と SYCL は異なるクラスタサイズをサポートしているため、今後 GMX_GPU_NB_CLUSTER_SIZE を使用してください。
アトム名の推測による質量と原子半径の推定は非推奨¶
アトーム質量やヴァン・デル・ワールス半径が必要な場合は、ツールがサポートしている場合でも、GROMACS 形式の適切なトポロジーを作成することをお勧めします。
機能が GROMACS 2021 で非推奨¶
mdrun -deffnm は廃止されます¶
この機能は、非常に単純なシミュレーションを実行する場合に便利です。なぜなら、ファイルセットをグループ化し、それらが単に拡張子が異なるだけで済むからです。ただし、これは mdrun モジュール（または複数のモジュール）が複数の .xvg 出力ファイルを生成する場合には機能しません。その結果、ファイル名が競合します。また、チェックポイント機能や追加機能との相互作用により、多くのバグ報告が発生しています。
ユーザーはフォルダを使用してファイルをグループ化できる（これは|Gromacs|以外の経験から、標準的なメカニズムとして理解されているため）ため、mdrun -deffnm の以前の利便性を削除することで、より優れたソフトウェアを開発・テストすることができます。そのため、ワークフローを適切に更新してください。
OpenCLはGPUフレームワークとして廃止されます。¶
現在、HPC向けの新しいGPUベンダーがOpenCLを必要とする可能性は低いことから、|Gromacs|におけるGPUアクセラレーションに焦点を当てるため、CUDA、SYCL、HIPに注力する予定です。OpenCLのサポートは、すでに廃止されており、今後のリリースで削除されます。
ハードウェア局所化ライブラリ hwloc のバージョン 1 のサポート¶
バージョン2は|Gromacs|で数年間サポートされています。最新のハードウェアおよびハードウェアサポートAPIの機能は、|Gromacs|の今後の開発において最も重要であるため、テスト作業を最小限に抑え、クラスタが古い``hwloc``のインストールをアップグレードするように促すべきです。
古いAPI¶
これまで、インストールされている古いヘッダーは廃止されていましたが、|Gromacs|の「src」ディレクトリツリー内のすべてのヘッダーは、内部での利用のみを目的としており、予告なしに変更される可能性があることを改めてお知らせいたします。さらに、「libgromacs」ライブラリおよび関連するCMakeターゲットの形式および内容は、長期的に安定してサポートできるAPIおよびサポート機構を構築するために変更される可能性があります。
機能が GROMACS 2019 で非推奨¶
標準的なアミノ酸残基中の芳香環を仮想的なサイトで置き換える機能の生成¶
これらの関数は、特定の状況下で予期せぬ結果を生み出す可能性がある（未発表の結果）、十分にテストされておらず、広く使用されていないため、pdb2gmxを簡素化する必要があります。
ベンチマークオプションは、``gmx benchmark``のみで利用可能です。¶
オプション（-confout、-resethway、-resetstep`など）は、通常の `mdrun ユーザーが使用することを意図していないため、専用のツールでのみ利用できるようにすることで、より明確になります。また、これにより、特定の mdrun およびベンチマークの使用ケースに合わせて、シミュレーションパートのファイルの書き込みなどのデフォルト設定をカスタマイズできるようになり、-confout は不要になります。
gmx mdrun -nsteps¶
.tpr ファイルで記述されたシミュレーションステップ数は、gmx convert-tpr コマンドを使用して変更できます。また、gmx grompp コマンドの呼び出し前に .mdp ファイルで変更することも可能です。しかし、この mdrun オプションの利便性は、その実装の信頼性、ログファイルへの明確な記録の欠如、およびメンテナンスの不足によって上回られました。