gmx trjorder¶

概要¶

gmx trjorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
             [-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nshell [<.xvg>]] [-b <time>]
             [-e <time>] [-dt <time>] [-xvg <enum>] [-na <int>]
             [-da <int>] [-[no]com] [-r <real>] [-[no]z]

説明¶

gmx trjorder は、参照グループ内の原子またはz座標に基づいて分子を配置します（オプション -z を使用）。距離に基づく配置では、分子のグループと原子のグループを指定する必要があります。トレースの各フレームで、選択された分子は、分子内の原子番号 -da と参照グループ内のすべての原子との間の最短距離に基づいて再配置されます。分子の質量の中心を、オプション -da を 0 に設定することで、参照原子の代わりに使用できます。トレース内のすべての原子は、出力トレースに書き込まれます。

gmx trjorder は、例えば、タンパク質に最も近い n 個の水分子を分析するのに役立ちます。この場合、参照グループはタンパク質であり、グループはすべての水分子原子で構成されます。最初の n 個の水分子のインデックスグループを作成すると、並べ替えられた軌跡は、GROMACS の任意のプログラムを使用して、n 個の最も近い水分子を分析するために使用できます。

出力ファイルが.pdbファイルである場合、参照ターゲットまでの距離は、例えばRasmolで色分けするために、B-ファクターフィールドに保存されます。

オプション -nshell を使用すると、参照グループの半径 -r の範囲内の分子の数を表示します。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc): 軌跡: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr): 構造+質量(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): インデックスファイル

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.xtc/.trr/...>] (ordered.xtc) (オプション): 軌跡: xtc trr gro g96 pdb tng h5md
-nshell [<.xvg>] (nshell.xvg) (オプション): xvgr/xmgr ファイル

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレームを読み込む開始時間 (デフォルト単位: ps)
-e <時間> (0): 読み込む最後のフレームの時間 (デフォルト単位: ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt = 最初の時間（デフォルト単位：ps）のときにのみ使用してください。
-xvg (xmgrace): xvg グラフのフォーマット: xmgrace, xmgr, なし
-na <int> (3): Number of atoms in a molecule
-da <int> (1): 距離計算に使用する原子、0はCOM
-[no]com (無): 基準グループの中心質量までの距離を使用する
-r <実数> (0): シェル（例えばタンパク質周辺）内の分子数を計算する際に、距離計算に使用されるカットオフ値。
-[no]z (いいえ): z座標で分子を配置する