gmx dssp¶

概要¶

gmx dssp [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
         [-o [<.dat>]] [-num [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
         [-dt <time>] [-tu <enum>] [-fgroup <selection>]
         [-xvg <enum>] [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf <file>]
         [-selrpos <enum>] [-seltype <enum>] [-sel <selection>]
         [-hmode <enum>] [-hbond <enum>] [-[no]nb] [-cutoff <real>]
         [-[no]clear] [-[no]pihelix] [-ppstretch <enum>]
         [-[no]polypro]

説明¶

gmx dssp は、DSSP アルゴリズム（特に、アミノ酸残間で特定の水素結合パターンを検出することによって）を使用して、タンパク質の二次構造を決定することを可能にします。

出力ファイルで使用される、1文字の二次構造指定:

H — α-らせん;

B — β-ブリッジ内の特定の残基;

E — 伸長された鎖で、ベータ・ラダーに寄与します。

G — 3_10-ヘリックス;

I — π-らせん;

P — カッパヘリックス（ポリプロリンIIヘリックス）;

S — 湾曲;

T — 水素結合によるらせん構造;

= — 終了;

~ — ループ (特別な二次構造の指定なし)。

-num を使用すると、各種類の二次構造の数を時間とともにプロットした結果を出力できます。

-hmode は、構造から直接水素原子を使用する ("gromacs" オプション) か、以前の残基の C および O 原子座標に基づいて水素疑似原子を使用する ("dssp" オプション) かを選択します。水素原子が欠落している構造の場合、常に "dssp" オプションを使用してください!

-hbond は、異なる水素結合の定義の選択を行います。「energy」は、静電相互作用エネルギーを用いて水素結合を計算することを意味し、「geometry」は、水素結合の存在に関する幾何学的基準を用いて水素結合を計算することを意味します。

-nb オプションを使用すると、GROMACS の近傍検索メソッドを使用して、水素結合の可能性のある残基のペアを特定できます。これは、残基を単に相互に反復処理するのではなく、近傍検索メソッドを利用する方法です。

-cutoff は、実際の値であり、-nb オプションで使用される、残基と隣接する残基との間の最大距離を定義します。最小値（および推奨値）は 0.9 です。

-clear を使用すると、1つ以上の重要な原子（CA、C、N、O、または H）が欠けている二次構造残基の解析を無視できます。水素原子がない構造の場合、必ずこのオプションを -hmode dssp と組み合わせて使用してください！

-pihelix は、ピ-ヘリックスを優先するようなパターン検索アルゴリズムに変更します。

-ppstretch はポリプロリンヘリックスの伸縮値を定義します。「shortened」はサイズ2で伸縮することを意味し、「default」はサイズ3で伸縮することを意味します。

-polypro は、ポリプロリンヘリックスの検索を有効にします（デフォルトの動作で、DSSP v4と同等）。このオプションを無効にすると、ポリプロリンヘリックスの検索が無効になり、DSSP v2の動作を再現します。

注意: 現在の gmx dssp は、X線結晶構造法以外の方法で決定されたタンパク質の構造（.pdb形式で、CRYST1行に誤った値が含まれている構造）を再現できません。これは、これらの構造における不適切なセルサイズによるものです。

注: 計算は、GROMACSが設定された精度に関係なく、常に単精度で行われます。

オプション¶

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション): 入力軌跡または単一構成: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション): 入力構造: tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション): 追加のインデックスグループ

出力ファイルの指定オプション:

-o [<.dat>] (dssp.dat): DSSP 出力ファイル名
-num [<.xvg>] (num.xvg) (オプション): 二次構造統計の軌跡ファイル名

Other options:

-b <時間> (0): 最初のフレーム (ps) を読み込む
-e <時間> (0): 読み込むトレースの最後のフレーム (ps)
-dt <時間> (0): フレームは、t MOD dt が最初に (ps) の値と等しい場合にのみ使用してください。
-tu <enum> (ps): 単位：fs（フェイズ）、ps（ピコ秒）、ns（ナノ秒）、us（マイクロ秒）、ms（ミリ秒）、s（秒）
-fgroup <選択>: 軌跡ファイルに保存されている原子（設定されていない場合は、最初のN個の原子を想定）
-xvg <列挙> (xmgrace): 書式設定: xmgrace, xmgr, なし
-[no]rmpbc (はい): 各フレームで分子を完全な状態にする
-[no]pbc (有効): 周期境界条件を使用して距離を計算する
-sf <ファイル>: ファイルからの選択肢を提供
-selrpos (列/行の指定): 選択基準となる位置: 原子、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、whole_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、dyn_mol_cog
-seltype <enum> (アトム): デフォルトの選択出力位置: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog, whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com, part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog
-sel <選択範囲>: DSSP グループ
-hmode <enum> (gromacs): モード: Hydrogens (水素原子) の疑似原子、GROMACS、DSSP
-hbond <enum> (エネルギー): 以下の選択肢から、水素結合の定義（エネルギー、ジオメトリなど）を選択します。
-[no]nb (はい): GROMACSの近傍検索方法を使用する
-cutoff <実数> (0.9): 近傍検索における、残基と近傍残基間の距離。0.9以上でなければなりません。
-[no]clear (無): 欠陥のある残留物を構造から除去する
-[no]pihelix (無): 推奨するピ・ヘリックス
-ppstretch <enum> (デフォルト): PP-ヘリコスの伸縮値: 短縮、デフォルト
-[no]polypro (はい): ポリプロリンヘリックスを検索する