新しいおよび改善された機能¶

単一の構築アトムを持つ仮想サイト¶

単一の構築アトムの上に構築される仮想サイトを追加しました。これにより、自由エネルギー計算が可能です。

密度に基づいたシミュレーションでは、行列の乗算とベクトルシフトを構造に適用できます。¶

新しいオプション「density-guided-simulation-shift-vector」は、密度に基づいたシミュレーショングループを、密度力が評価される前にシフトさせるシフトベクトルを定義します。既知のシフトベクトルを使用して、構造と入力密度を一致させることができるため、この機能により、入力密度データや構造を操作することなく、非一致した密度に対して構造の最適化が可能になります。オプション「density-guided-simulation-transformation-matrix」を使用すると、シフトベクトルを適用する前に、構造座標に掛ける行列を定義できます。これにより、入力密度に対する入力構造の任意の回転、歪み、およびスケーリングが可能になります。典型的な使用例は、膜に埋め込まれたタンパク質であり、膜内で簡単にシフトおよび回転することが難しい場合です。

SETTLEによるエネルギー消費の低減¶

GROMACS は、SETTLE における中心質量計算の改善を適用し、単精度でのエネルギードリフトを削減しました。これにより、中心質量計算が完全に回避され、大きな座標値が存在する場合にエネルギードリフトが大幅に減少します。これにより、SETTLE を使用して最大 1000 nm までのサイズのシステムを正確にシミュレーションできるようになりました (ただし、LINCS および SHAKE による制約は依然として大きなドリフトを引き起こし、システムサイズを 100 ～ 200 nm に制限します)。

mdrun は、現在、エネルギー変動に関する情報を報告するようになりました。¶

保守的な積分器を使用する場合、mdrunは、保存されたエネルギー量のドリフトをログファイルに報告します。

FEP を AWH で使用¶

現在、加速された重みヒストグラム法を使用して、自由エネルギー摂動シミュレーションのラムダ状態を制御することが可能です。これは、他の（複数の）AWH次元のいずれかとして使用でき、他の次元（次元）は、座標を引くために結合されます。

PDB2GMXにおける環状分子のサポート¶

現在、pdb2gmxで環状分子を処理し、それに対応する|Gromacs|のトポロジーファイルを作成することが可能です。

確率的なセル再スケーリングバロスタット¶

確率的なセル再スケールバーオスタットの実装。これは、平衡状態と生成の両方に使用できる、第一段階の確率的なバーオスタットです。