GROMACS 2021.3 リリースノート¶
このバージョンは2021年8月18日にリリースされました。これらのリリースノートは、|Gromacs|の2021.2バージョンからの変更を記録し、既知の問題を修正するために作成されました。また、2020.6およびそれ以前のすべての修正も含まれており、詳細は：ref:`release-notes`で確認できます。
mdrunが誤った動作をする問題を修正¶
修正 mdrun -ddorder pp_pme¶
PP-PMEのランキング時に、mdrunが初期化フェーズで停止状態になるという問題が発生しました。
gmxapi MDプラグインとのバインディングを修正¶
分子動力学拡張コードを gmxapi Python インターフェースを通じてシミュレーションに追加した場合、適切に処理されていませんでした。これにより、gmxapi バージョン 0.1 以降では、制約ポテンシャルが自動的に適用されなくなっていました。内部で gmxapi のアップデートが適用されています。
gmxapi 0.2.2 Python パッケージは、更新された GROMACS APIをサポートし、シミュレーションが互換性のあるが破損したAPI（GROMACS 2021から2021.2）と外部プラグインコードを連携しようとすると、エラーを発生させます。
サードパーティのコードは更新する必要はありませんが、開発者は、https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/tree/master/python_packaging/sample_restraint (デモンストレーションおよびテスト目的) に追加の「null制約」について認識する可能性があります。
単一ランクのシミュレーションによって書き込まれたチェックポイントからのマルチランクの再起動を修正¶
現在、単一ランクのシミュレーションでは更新グループは使用されませんが、複数ランクの実行では使用できます。この修正により、更新グループ内の原子が常に同じ周期的な画像から開始されることが保証され、これは単一ランクのシミュレーションによってチェックポイントが保存された場合に保証されていませんでした。
gmx ツールに関する修正¶
修正：gmx nmr -viol オプション¶
このツールは、以前は意味不明なエラーで失敗していました。また、このオプションが他の分析モードと互換性がないことを強制します。
gmx dipoles -quad オプションの修正¶
このツールは、現在正しい値を報告しています。
gmx convert-tpr -until が正しく動作することを確認してください。¶
これは、ツール内部の再構築中に壊れてしまい、残りのステップ数を正しく計算できなくなりました。
修正：gmx chi および gmx angle での二面体遷移のカウント¶
1フレームのみの軌跡が指定された場合、遷移カウントは行われません（以前は試行され、クラッシュしていました）。
複数のフレームの軌跡が渡された場合、トランジションのカウントは正しく行われます（以前はカウントされませんでした）。
gmx のヒストグラム機能で発生する可能性のあるクラッシュを修正¶
以前、一時的な文字列への無効な参照が残りの名前に使用されており、これによりクラッシュが発生する可能性がありました。
修正: gmx chi -chi_prod¶
以前は、関連する二面体の数が、二面体を持つ残基の数と異なると、クラッシュしたり、無効な結果を生成したりすることがありました。
移植性に影響を与える修正¶
必要なPythonモジュールが利用可能であることを確認する¶
それにより、ソースコードの検証は、意味不明なエラーでビルドを失敗させる可能性があります。
NB-LIBとgmxapiがテストを有効にせずにでもビルドできることを確認する¶
これにより、意味不明なビルドエラーが発生する可能性があります。
その他の機能¶
mdrun のドメイン分割におけるパフォーマンス低下が修正されました。¶
16個以上の「PP MPI ランク」を使用する場合、不適切にサイズのハッシュテーブルを使用すると、ドメイン分割の再分割によって大きなパフォーマンスオーバーヘッドが発生する可能性があります。この問題は現在修正されています。