新機能および改善点¶
AWHの指数関数的ヒストグラムの成長は、現在制御できるようになりました。¶
初期段階における加速された重みヒストグラムの成長係数は、デフォルトで3にハードコードされていました。現在、この値はユーザーによって制御できるようになりました。安定性を高めるために、デフォルトでは2に設定されています。
もしTPRが以前の|Gromacs|バージョンで生成された場合、デフォルト値3が使用されます。
NVTX/ROCTX/ITT を使用した壁サイクル領域に基づくインストルメンテーションのサポートを追加¶
基本的なGPUトレースライブラリのサポートが追加され、wallcycleのメインおよびサブ領域がトレースタイムラインに表示されるようになり、これによりパフォーマンス分析が支援されます。トレースインストルメンテーションのサポートは、次のCMake変数いずれかを使用して有効にできます: GMX_USE_NVTX、GMX_USE_ROCTX、GMX_USE_ITT.
コラティブ変数 (Colvars) モジュールのサポート¶
「Colvars (<https://colvars.github.io>)」ライブラリは、高度なサンプリングシミュレーション用の新しいおよび改善されたインターフェースを備えており、これにより、現在のおよび将来の GROMACS のリリースでの使用および配布が大幅に簡素化されます。 新しいインターフェースは、*修正不要*であり、Colvars の入力と、GROMACS の TPR および CPT ファイルとの、それぞれ完全な統合をサポートします。
詳細については、GROMACS のドキュメントの このセクション を参照してください。また、GROMACS の Colvars ドキュメントページ も参照してください。さらに、GROMACS のディスカッションフォーラムのメッセージには、colvars キーワード を使用してタグ付けすることで、より簡単に参照できます。
自動でスケーリングされたAWH目標分布¶
AWH のターゲット分布は、現在、AWH の摩擦メトリックの平方根で自動的にスケーリングできます。摩擦が高い（拡散が遅い）領域には、より高いターゲット分布が割り当てられます。これにより、推定された自由エネルギー地形の統計誤差が一般的に低減されるはずです。新しいオプション「awh1-target-metric-scaling」を使用すると、すべての AWH ターゲット分布および/または AWH ユーザー入力のさらに詳細な調整が可能になりますが、通常、ボルツマンまたはローカル・ボルツマン ターゲット分布と組み合わせて使用することは推奨されません。これは、2 つの適応的更新メカニズム間のフィードバックループのリスクによるものです。