gmx セレクト

概要

gmx select [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
           [-os [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-oi [<.dat>]]
           [-on [<.ndx>]] [-om [<.xvg>]] [-of [<.xvg>]]
           [-ofpdb [<.pdb>]] [-olt [<.xvg>]] [-b <time>] [-e <time>]
           [-dt <time>] [-tu <enum>] [-fgroup <selection>]
           [-xvg <enum>] [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf <file>]
           [-selrpos <enum>] [-seltype <enum>] [-select <selection>]
           [-[no]norm] [-[no]cfnorm] [-resnr <enum>]
           [-pdbatoms <enum>] [-[no]cumlt]

説明

gmx select は、動的な選択に関する基本的なデータを書き出します。これは、簡単な分析に使用したり、他のプログラムや外部の分析プログラムからの出力と組み合わせて、より複雑な計算を行うために使用できます。選択構文の詳細については、「gmx help selections」をご参照ください。

任意の出力オプションの組み合わせが可能です。ただし、-om オプションは最初の選択のみに適用されます。また、出力オプションを指定しない場合、出力は生成されません。

-os を使用すると、各フレームにおける選択の各位置数を計算します。-norm を使用すると、出力は 0 から 1 の範囲であり、最大位置数から得られる割合を表します（例：選択「resname RA および x < 5」の場合、最大位置数は RA 残基の原子数です）。-cfnorm を使用すると、出力は選択でカバーされている割合で除算されます。-norm と -cfnorm は互いに独立して指定できます。

-oc オプションを使用すると、各選択によってカバーされる割合が時間とともに変化する関数として表示されます。

``-oi``オプションを使用すると、選択された原子/残基/分子は時間とともに書き出されます。出力には、最初の列にフレームの時間、2番目の列に位置の数が含まれ、その後は原子/残基/分子の番号が続きます。複数の選択が指定されている場合、2番目のグループのサイズは最初のグループの最後の番号の直後に出現し、同様に続きます。

-on オプションを使用すると、選択された原子は make_ndx などのツールで利用可能なインデックスファイルとして書き込まれます。 選択はグループとして書き込まれ、動的な選択の場合は、各フレームごとにグループが作成されます。

残基番号については、-oi の出力を -resnr で制御できます。 Number Protocol (デフォルト) は、入力ファイルに現れる残基番号をそのまま出力します。 index は、入力ファイルに現れる残基に、1 から始まる一意の番号を順番に割り当てて出力します。 前者は直感的ですが、入力に同じ番号を持つ複数の残基が含まれている場合、出力が役に立たなくなることがあります。

``-om``オプションを使用すると、時間の経過に伴う最初の選択のマスクが出力されます。出力の各行は1つのフレームに対応し、選択される可能性のある各原子/残基/分子に対して0/1が含まれます。1は、現在のフレームで選択されている原子/残基/分子を表し、0は選択されていないことを示します。

-of オプションを使用すると、各位置の占有割合（つまり、その位置が選択されるフレームの割合）が出力されます。

-ofpdb オプションを使用すると、選択された原子の占有割合が各原子に埋め込まれた PDB ファイルが作成されます。 PDB ファイル内の座標は、入力トポロジーから取得されます。 -pdbatoms オプションを使用すると、出力 PDB ファイルに表示される原子を制御できます。 all を指定すると、すべての原子が表示されます。 maxsel を指定すると、選択によって選択される可能性のあるすべての原子が表示されます。 selected を指定すると、少なくとも 1 つのフレームで選択された原子のみが表示されます。

-olt を使用すると、選択された位置の数を、位置が連続して選択された時間の関数として示すヒストグラムが生成されます。 -cumlt は、より長い区間のサブ区間がヒストグラムに含まれるかどうかを制御するために使用できます。

-om, -of、および -olt は、動的選択と組み合わせて使用する場合にのみ有効です。

座標のプロットには、gmx trajectory を使用します。

オプション

入力ファイルの指定オプション:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (オプション)

入力ファイルまたは単一の構成ファイル: xtc trr cpt gro g96 pdb tng h5md

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (オプション)

入力構造: tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (オプション)

追加のインデックスグループ

出力ファイルの指定オプション:

-os [<.xvg>] (size.xvg) (オプション)

各選択における位置数

-oc [<.xvg>] (cfrac.xvg) (オプション)

選択ごとのカバー率

-oi [<.dat>] (index.dat) (オプション)

選択されたインデックス

-on [<.ndx>] (index.ndx) (オプション)

選択からのインデックスファイル

-om [<.xvg>] (mask.xvg) (オプション)

選択された位置のマスク

-of [<.xvg>] (occupancy.xvg) (オプション)

選択された位置の占有割合

-ofpdb [<.pdb>] (occupancy.pdb) (オプション)

PDBファイルで、選択された位置の占有割合を指定

-olt [<.xvg>] (lifetime.xvg) (オプション)

生涯ヒストグラム

その他のオプション：

-b <時間> (0)

最初のフレーム (ps) から読み込むトレース

-e <時間> (0)

読み込むトレースの最後のフレーム (ps)

-dt <時間> (0)

フレームは、t MOD dt が最初に一致する場合のみ使用してください (ps)

-tu <enum> (ps)

時間値の単位: fs, ps, ns, us, ms, s

-fgroup <選択>

軌跡ファイルに保存されている原子（設定されていない場合は、最初のN個の原子を想定）

-xvg <enum> (xmgrace)

書式設定: xmgrace, xmgr, なし

-[no]rmpbc (はい)

各フレームで分子を全体として扱う

-[no]pbc (有効)

周期境界条件を使用して距離を計算する

-sf <ファイル>

ファイルからの選択肢を提供

-selrpos (列選択位置)

参照位置の選択: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog, whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com, part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog

-seltype <enum> (アトム)

デフォルトの選択結果の出力位置: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog, whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com, part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog

-select <選択範囲>

分析対象の選択

-[no]norm (無)

-os を使用して、合計位置数で正規化する

-[no]cfnorm (無)

-os を使用して、被覆割合で正規化する

-resnr <enum> (数値)

-oi および -on オプションを使用した、残差番号の出力形式: 数値、インデックス

-pdbatoms <enum> (すべて)

書き込む原子 -ofpdb: all, maxsel, selected

-[no]cumlt (はい)

長い区間のサブ区を-oltで累積する